微流控PCR, QPCR, RT-PCR & QRT-PCR
1.微流控PCR, QPCR, RT-PCR & QRT-PCR簡介
最常見的DNA分析是聚合酶鏈式反應（或PCR）和定量聚合酶鏈式反應（qPCR）。兩種方法都包含在DNA序列的特定指數擴增中。
PCR和qPCR具有眾多應用，例如DNA測序。直接PCR應用之一顯然是克隆DNA序列（例如基因）。
它還可以幫助檢測到低量的DNA（例如，用于病原體檢測，如細菌或病毒）。
就一般生物分析而言，微流控為PCR分析提供了許多優點：
①整個生物過程整合并因此被最終用戶簡化；
②高通量，多重和高度平行的分析；
③由于反應時間較短和/或分離時間較短，分析速度更快；
④用于即時護理應用的便攜式設備；
⑤低試劑消耗量；
⑥每次分析的全球成本降低。
2.PCR及其在微流體裝置中的應用
2.1 PCR需要幾種常見混合物的試劑：
①DNA樣本：將從中擴增特定序列的原始DNA
②引物：對應于特定擴增DNA序列兩端部分序列的一對短核苷酸序列（10-20個堿基對）。他們將因此確定具體的擴增序列。
③核苷酸或更精確的脫氧核苷酸三磷酸（dNTP）：基本上，將用于合成新的DNA擴增子（即由PCR過程產生的新DNA樣品）的4種類型的DNA堿基（A，T，C，G）。
④DNA聚合酶：一種能夠通過特異性組裝核酸從單鏈DNA中作為模板創建新DNA鏈的酶。
一旦混合物準備好，PCR基本上包含在每個PCR階段的2或3個不同溫度之間的溫度循環中：
改性：該步驟在94-98℃下進行并導致DNA熔解，即分離DNA鏈產生兩個單獨的單鏈DNA。
退火：該步驟在50-65℃下進行以允許引物退火至與特定擴增的DNA序列的兩個末端對應的特定位置處的單鏈DNA模板。退火階段可以在與擴展階段相同的溫度下進行，以僅使用2個不同的溫度進行PCR。
延伸：此步驟通常在70°C左右進行。溫度主要取決于所使用的DNA聚合酶，因為它對應于DNA聚合酶與引物/單鏈DNA復合物結合以通過摻入周圍核苷酸合成新的互補DNA鏈的階段。
2.2 PCR微流體裝置和應用
PCR主要依賴于溫度循環。因此集成設備的關鍵技術就是它們的加熱方法。
在DNA擴增方法中，PCR是首先在微流控芯片上開發的，因為它是最常見和簡單的核酸擴增方法。實際上，當芯片上進行PCR以利用微流體優勢（速度（3,4），并行化（4）和靈敏度（5））時，其結果分析可以容易地在芯片外執行。
來自Gong等煩人多重集成PCR原型
來自Pal等具有集成電泳分析的微流控PCR芯片，
3. 微流體裝置中的加熱和溫度控制系統
從PCR過程可以看出，溫度循環和熱化系統是PCR裝置的關鍵技術部分。此外，即使溫度只能在實驗前校準，最好在PCR過程中監測和控制溫度，以獲得精確和穩定的樣品熱量。
為了進一步使PCR微流體裝置小型化并加速熱處理，可以在其制造期間將金屬（大多數為鉑）或多晶硅的薄膜直接集成到微流體裝置中。
PCR芯片中的薄膜加熱器
激光加熱PCR液滴膜
4. QPCR及其在微流體裝置中的應用
定量PCR（qPCR）也稱為實時PCR，但很容易與反轉錄PCR（RT-PCR，用于RNA分析）混淆。
qPCR依賴于與PCR相同的原理，取而代之的是PCR產物在擴增過程中實時檢測，這歸功于與適應性光學激發和檢測器相關的螢光受體。
嵌入劑qPCR的解析曲線分析
熒光探針機制
與PCR相比，qPCR具有更快的優勢（PCR過程中的自動檢測），更靈敏，動態范圍更廣，重復性更好。
QPCR微流體裝置和應用
與PCR一樣，微流體裝置能夠加速熱化過程以實現快速qPCR過程（20分鐘內40個qPCR循環，商業標準系統約1小時），有助于縮小PCR工作體積，同時保持相同的擴增效率和靈敏度（即最小核酸濃度可檢測）比常規商業系統。
微流體裝置也被開發用于平行病原體檢測（水寄生蟲）使用毛細管注射和預裝引物，大大簡化了系統的復雜性和最終用戶的任務。
微流體qPCR裝置
5. RT-PCR＆QRT-PCR及其在微流體裝置中的應用
PCR可用于DNA檢測，但它也可用于通過簡單地向PCR過程添加先前步驟來檢測RNA。事實上，RNA結構非常接近DNA，但含有核糖而不是脫氧核糖和尿嘧啶堿基而不是胸腺嘧啶。而且，在其大部分生物學作用中，RNA是單鏈分子，比DNA序列短得多。通過RT-PCR進行RNA定量的主要應用是來自信使RNA（mRNA）和病毒檢測（許多病毒是RNA病毒）的基因表達分析。
在70年代，發現了逆轉錄酶，即能夠使DNA在RNA中逆轉錄的酶。因此，通過使用包含逆轉錄聚合酶和大約50℃的先前熱化步驟的PCR生物化學試劑，可以從RNA中獲得互補DNA（cDNA），然后可以像常規PCR過程那樣擴增cDNA。
DNA和RNA之間的差異
以與PCR和qPCR相同的方式，可以在qRT-PCR過程的擴增期間實時檢測RT-PCR產物。區分RT-PCR和qPCR很重要。RT-PCR以前可用于逆轉錄聚合酶鏈式反應和實時聚合酶鏈式反應。所以使用RT-PCR很容易讓人對上述過程感到困惑。所以現在使用定量聚合酶鏈式反應及其縮寫qPCR代替實時聚合酶鏈式反應。定量逆轉錄聚合酶鏈式反應是如此簡化的qRT-PCR。
RT-PCR：不同的RT引物類型
RT-PCR：一步和兩步法
RT-PCR和QRT-PCR微流體裝置和應用
兩步qRT-PCR也可用于進行病毒離片RT步驟，然后用微流控芯片進行PCR以加速處理持續時間（15分鐘（31）30個循環，17分鐘40個循環（ 35）），同時保持商業系統的效率和靈敏度（31）或降低它們（35）。
一步式qRT-PCR也已經用與熱和光學系統有關的聚合物微流控芯片制成，但與商業系統相比產生降低的效率（36）。其他集成系統通過將反應時間縮短至35分鐘達50個循環（37），在芯片上進行一步式雙相樣品qRT-PCR（37），將循環閾值與商業系統進行比較，但不考慮效率和靈敏度。
最初，RT-PCR產物也可以通過比色法在微流控芯片內進行檢測，使用免疫層析試紙條，如妊娠試驗中使用的那些（38）。這種類型的系統大大簡化了檢測設置，因為它不需要任何光學分析。
與免疫色譜（或側向流動）檢測相關的微流控RT-PCR測定
6. MICROFLUIDIC CONTINUOUS FLOW/FLOW-THROUGH AND OSCILLATING FLOW PCR
Microfluidic Continuous Flow/Flow-through system for 30 PCR cycles with the different heating zones pointed out
Microfluidic Oscillating flow PCR chip. The 1st RTV layer correspond to the PDMS Quake valve and the second one to the PDMS microfluidic channels for PCR sample.
7.微流控數字PCR
隨著微流體技術的發展，出現了處理微流體裝置內的乳液和液滴的數字微流體。現在，數字PCR（dPCR）已通過多家公司商業化，專門用于超靈敏檢測。盡管如此，dPCR需要更長的加熱時間以在所有產生的液滴在PCR管中轉移后獲得均勻的熱化。
初期數字微流體裝置
數字PCR用于罕見突變檢測
8.微流體單細胞PCR和RT-PCR
單細胞PCR / RT-PCR的優勢在于可以精確定量和區分每個單細胞的基因表達，即使它們代表了全球細胞群體中相對非常小的一個群體，而不會在獲得的平均基因表達中丟失通過評估細胞類型的所有細胞。因此可以檢測到非常罕見的生物事件。
單細胞RT PCR分析，來自White等，PNAS，2011
用于單細胞分析的微流體液滴qRT-PCR裝置來自Eastburn等，Analytical Chemistry，2013
微流體已廣泛用于不同的DNA擴增過程（PCR，qPCR，RT-PCR）。微流體裝置能夠加速PCR過程，減少試劑消耗，達到高通量分析并將PCR前后分析整合在一起。